6 marca 1752 r. został wydany dekret Senatu Rosji o budowie nowej iszymskiej linii kolejowej od uroczyska, zwanego „Głowa Zwierza” na Tobole do twierdzy omskiej. Nosiła nazwę „gorzkiej linii”, gdyż przebiegała wzdłuż gorzkich, słonych i słodkowodnych jezior. Przy tej linii powstała twierdza, pierwotnie nazywana „Wielką Twierdzą nad Iszymem”. Na jej bazie powstało miasto. W granicach twierdzy w 1765 r. wybudowano kościół garnizonowy. Spłonął on w latach 70-tych, a na jego miejscu wybudowano nowy drewniany kościół p.w. Świętych Piotra i Pawła. Ostatecznie zakończono budowę twierdzy pietropawłowskiej w końcu lat 70-tych XVIII w.

     Pietropawłowsk od początku był miejscem zsyłek. Wśród zesłańców byli także katolicy, którzy starali się organizować swoje życie religijne. W 1911 r. posiadali już swoją kaplicę i rozpoczęli budowę kościoła, który został poświęcony Najświętszemu Sercu Pana Jezusa. Parafia w tym czasie liczyła ok. 3 tys. wiernych, należała do dekanatu omskiego, archidiecezji mohylewskiej.

    Po rewolucji październikowej przyszedł czas prześladowań. W 1920 r. kościół został zamieniony na magazyn, a w 1922 r. ksiądz oraz 10 parafian zostało rozstrzelanych. W czasie panowania komunizmu życie religijne w Pietropawłowsku oficjalnie zamarło. Lecz wierzący - przede wszystkim Polacy i Niemcy - zbierali się na modlitwę w domach prywatnych, w mieście i na wioskach. Niekiedy nocą przyjeżdżali księża, którzy udzielali Sakramentów, a spośród nich najbardziej znanymi byli ks. Alojzy Kaszuba i ks. Władysław Bukowiński.  

       Od 1991 r. katolicy północnego Kazachstanu tak w miastach, jak i na wioskach rozpoczęli oficjalnie organizowane życie religijne. W niektórych wioskach: Asanowo, Izobilnoje, Skwarcowka, Furmanowka niemieccy katolicy wybudowali kaplice i każdej niedzieli zbierali się na wspólną modlitwę. Administrator Apostolski Kazachstanu, bp Jan Paweł Lenga przyjeżdżał umacniać duchowo katolików w Pietropawłowsku. Erygował parafię p.w. Trójcy Świętej oraz 20.04.1993 r. mianował jej proboszcza redemptorystę o. Zbigniewa Kotlińskiego i wikariusza o. Kazimierza Zymułę.

     W 1994 r. parafia otrzymała od administracji plac pod budowę kościoła, który 15.05.1994 r. został poświęcony przez bp Jana Pawła Lengę.

    Budowa kościoła p.w. Bożego Miłosierdzia została zakończona uroczystym poświęceniem 12.09.1999 r. Nową świątynię konsekrował Nuncjusz Apostolski abp Marian Oleś dnia 16.07.2000 r. Po rozwiązaniu wielu problemów w grudniu 1998 r. władze miejskie sprzedały parafii Trójcy Świętej budynki w centrum miasta, które do czasu rewolucji październikowej były kościołem i plebanią parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa. Kościół był ponownie konsekrowany 7 lipca 2002 r. Przy tym kościele mieszkają siostry Redemptorystki które przyjechały do Pietropawłowska 13 maja 2001 r.

Obecnie w Parafii św. Trójcy pracują następujący redemptoryści: o. Andrzej Michoń - proboszcz i przełożony, oraz o. Andrzej Bałuk i o. Piotr Łacheta.

Od prawej: o. Piotr Łacheta; o. Andrzej Michoń; o. Andrzej Bałuk